Eine gegebene RNA-Sequenz kann aufgrund vieler möglicher Kombinationen von Basenpaarungen in exponentiell viele verschiedene Sekundärstrukturen gefaltet werden.
Während sich die meisten Proteine typischerweise in der Größenordnung von Millisekunden falten, konnten Simulationen vor 2010 nur Zeitskalen von Nanosekunden bis Mikrosekunden erreichen.