The protons are supplied from the cytoplasm into the RC ( part of the protein shown here only ) via water molecules positioned in channels in the protein.
The channel positioned parallel to the cytoplasmic membrane seems to be more relevant as it is lined by protonable amino acids identified to be essential by mutational analysis.
When viewed at the level of the atom s van der Waals radii the chromophores fill a good part of the complex and are not totally shielded from the environment.
www.biologie.uni-hamburg.deDie Protonen werden vom Cytoplasma in das Reaktionszentrum geliefert ( hier ist nur ein Teil des Proteins gezeigt ), wobei als Träger Wassermoleküle dienen, die in Kanälen des Proteins fixiert sind.
Der Kanal parallel zur Cytoplasmamembran scheint der relevantere zu sein, da er mit protonierbaren Aminosäuren ausgekleidet ist, die aufgrund von Mutationsanalysen als essentiell gefunden wurden.
In der raumfüllenden Ansicht ( auf der Ebene der van der Waals-Radien der Atome ) nehemen die Chromophoren einen großen Teil des Komplexes ein und sind keineswegs von der Umgebung völlig abgeschirmt.
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